2003年10月,浙江长兴县县委办下发文件,在全国率先对城区河流试行河长制,由时任水利局、环卫处负责人担任河长,对水系开展清淤、保洁等整治行动,水污染治理效果非常明显。2004年,时任水口乡乡长被任命为包漾河的河长,负责喷水织机整治、河岸绿化、水面保洁和清淤疏浚等任务。河长制经验向农村延伸后,逐步扩展到包漾河周边的渚山港、夹山港、七百亩斗港等支流,由行政村干部担任河长。2008年,长兴县委下发文件,由四位副县长分别担任4条入太湖河道的河长,所有乡镇班子成员担任辖区内的河道河长,由此县、镇、村三级河长制管理体系初步形成。
2008年起,浙江其他地区湖州、衢州、嘉兴、温州等地陆续试点推行河长制。2013年,浙江出台了《关于全面实施“河长制”进一步加强水环境治理工作的意见》,明确了各级河长是包干河道的第一责任人,承担河道的“管、治、保”职责。从此,肇始于长兴的河长制,走出湖州,走向浙江全境,逐渐形成了省、市、县、乡、村五级河长架构。